Fu l'ultimo sacerdote a fregiarsi del triplice titolo di Guardiano della Congregazione di San Carlo, Rettore del Collegio e Rettore dell'Università di Modena. L'Università, infatti, passò, dopo insistenti pressioni da parte del Governo, del Comune e della stessa Congregazione, da Studio Pubblico a Università di Stato (1772) facendo precipitare la situazione del Collegio. La sorte del Boccolari fu decisa dal marchese Gherardo Rangoni, Consigliere e Segretario di Stato, che lo rimosse dall'incarico ritenendolo responsabile della crisi che aveva investito il Collegio e, più probabilmente, per non aver condiviso le decisioni dell'autorità ducale rispetto al progetto di separare l'Università degli Studi dalla Congregazione di San Carlo. Dopo alterne vicende di rivendicazioni economiche da parte dell'ex rettore e ventilate proposte di incarichi a Corte in qualità di Teologo, il Boccolari divenne priore della locale parrocchia di San Bartolomeo.