Membro della Congregazione di San Carlo, fu eletto Lettore di Teologia Scolastico-dogmatica nel 1739. Diventò Rettore del Collegio nel 1760, ma aveva già collaborato con il precedente rettore Sassarini nella direzione del Collegio, a causa dei problemi di salute di quest'ultimo, tra il 1756 e il 1758. Durante gli anni del suo rettorato un'epidemia di peste (1762) e una di vaiolo (1766) determinarono una situazione di disagio, accresciuto da disordini amministrativi interni che si conclusero con l'intervento del duca Francesco III d'Este, che istituì una sorveglianza speciale sul Collegio affidata al suo ministro conte Poggi, ex convittore. Per di più la carestia dell'inverno del 1767 determinò la riduzione dei collegiali. Nel 1769 Malmusi rinunciò al rettorato per motivi di salute e trasferì a Giuseppe Boccolari i suoi compiti all'Università, nella Congregazione stessa e nel Collegio. Pubblicò diversi scritti, tra cui un Avviamento allo studio della storia e arricchì di numerosi libri la biblioteca del Collegio.