L'invenzione della pala affidata al Vellani si basa su un notevole sforzo concettuale che rispecchia le nuove ambizioni della Congregazione, come dimostra l'inserzione nella parte superiore, accanto ai Santi Girolamo e Gregorio Magno, di "San Dionigio Areopagita uno dè Nostri Protettori principali per riguardo la Università degli Studi, che allora si regolava dalla Congregazione". Una certa stanchezza compositiva appare tuttavia evidente, se il consueto ricorso ad una costruzione scalena non riesce in realtà a mascherare la prevedibilità dell'invenzione.
I due dipinti lasciati da Vellani in San Carlo esemplificano bene la tenuta del suo stile, anche se non appartengono al numero delle sue opere più felici. L'aspetto della pala con San Filippo Neri è però aggravato da antiche e drastiche puliture che ne hanno irrimediabilmente impoverito la stesura serica e trasparente.