Il prestigio ricoperto in Modena dalla Congregazione Beata Vergine e di San Carlo ben si valuta dalla decorazione pittorica e plastica di cui furono fatti oggetto gli altari della chiesa nel corso dei secoli. Il suo attuale aspetto è il risultato di una selezione rigorosa che portò in più riprese a cambiamenti e sostituzioni al fine di enfatizzare la nobiltà del luogo. Tale selezione, se da un lato ci ha privato della conoscenza dei dipinti man mano sostituiti, dall'altro ha consentito che si configurasse un'antologia estremamente alta della pittura modenese tra Seicento e Ottocento.
L'appoggio che la Corte concede costantemente alla Congregazione giustifica la linea mantenuta da quest'ultima per le commissioni di nuove opere all'interno della chiesa che vanno regolarmente ad artisti stipendiati o comunque gravitanti attorno alla corte stessa. Ciò si verifica per tutto lo scorcio del Seicento con Francesco Stringa, Sigismondo Caula, Oliviero Dauphin, tutti legati alla corte anche se esponenti di tendenze in qualche modo differenziate, fino all'episodio eclatante del dipinto per l'altare maggiore commissionato a Marcantonio Franceschini, che aveva già lavorato nel Palazzo Ducale. Nel Settecento la scelta di Francesco Vellani premia un artista al termine di una brillante carriera così come nell'Ottocento per l'ultrasettantenne Adeodato Malatesta la collocazione in San Carlo di una pala dovette rappresentare l'ambìto riconoscimento per un'attività svolta con straordinario risalto da ormai mezzo secolo.