Fondazione San Carlo è la designazione recente, a partire dagli anni Settanta, di un'istituzione nata a Modena nel 1626 con il nome di "Collegio dei Nobili della Madre di Dio e di San Dionigi Areopagita", fondata dal sacerdote conte Paolo Boschetti. Attorno alla metà del Seicento il nome di San Dionigi fu oscurato da quello di San Carlo (Borromeo), il santo che proteggeva sin dalle sue origini la Congregazione che gestiva il collegio nata dallo slancio volontario di laici devoti del ceto artigiano e piccolo borghese che si dedicavano ad assistere i poveri, ad insegnare loro a leggere, scrivere e far di conto e ad ammaestrarli nella dottrina cristiana.
La Congregazione, per iniziativa del Boschetti, iniziò a gestire un collegio riservato ai rampolli di nobili famiglie (scuole alte), senza tuttavia trascurare i "poverelli" (scuole basse). L'istituto, che fruì di un prestito della municipalità, potè in seguito contare su sostanze proprie in virtù di alcuni lasciti che, tra l'altro, consentirono l'edificazione del collegio e dell'adiacente chiesa - che ne condivise la vicenda costruttiva - nel quadrivio più importante della città, in posizione baricentrica con un prestigioso portico fornito di qualificate botteghe. Nel 1682 ebbe ufficialmente inizio in questa sede, gestito dalla Congregazione, lo "Studio Pubblico" di San Carlo (divenuto università statale nel 1772), mentre nel 1686 ebbe sede nel Collegio anche l'"Accademia dei Dissonanti". L'operato dell'istituzione in ambito educativo e culturale proseguì nei secoli, adeguandosi al mutamento dei tempi. L'attività più specificamente scolastica del Collegio terminò nel 1970.