La Fondazione Collegio San Carlo è oggi un'istituzione privata che, senza fini di lucro, svolge funzioni di rilevanza pubblica. Ha sede nel centro storico di Modena nell'originario palazzo barocco che, con l'annessa Chiesa di San Carlo, costituisce uno dei complessi di maggior pregio della città, ora restaurato ed adeguato alle nuove esigenze di utilizzo. Lo Statuto individua nella formazione dei giovani e nella ricerca in ambito di scienze sociali e religiose gli scopi dell'Ente. Il Consiglio di amministrazione - di nomina pubblica - fissa gli indirizzi generali e gestisce un consistente patrimonio che garantisce l'autonomia dell'Ente. Un Comitato scientifico di carattere internazionale vigila sulla qualità della proposta culturale. La missione dell'Ente viene realizzata tramite la Scuola internazionale di Alti Studi "Scienze della Cultura", riservata a dottorandi italiani e stranieri, il Centro Culturale e il Centro Studi Religiosi, che promuovono attività pubbliche di studio e ricerca, il Collegio universitario riservato a 45 studenti dell'Ateneo di Modena e Reggio Emilia, la Biblioteca e l'Archivio Storico.
Oltre alle proprie autonome attività, che coprono pure il settore editoriale e la valorizzazione del patrimonio storico-artistico dell'Ente, la Fondazione promuove una consistente mole di iniziative in collaborazione: la più nota per risonanza ormai nazionale è il festivalfilosofia. Ospita altresì manifestazioni, mostre, convegni, concerti promossi anche da altre istituzioni, sia pubbliche che private. Per lo svolgimento delle sue attività e dei suoi servizi la Fondazione si avvale delle competenze di 24 addetti.