Il primo intervento di restauro della Sala dei Cardinali è quello curato da Giuseppe Maria Soli per porre rimedio alla cancellazione delle insegne blasoniche degli antichi alunni ordinata nel 1796 dal governo democratico. Nel 1823 il rettore Lenzini fece ritoccare la sala da Luigi Pagliani. Nel 1872/73 furono eseguiti restauri alla volta affidati al professor Ferdinando Manzini.
Nel 1909 avvenne un altro restauro: in tale occasione, furono probabilmente aggiunti stemmi di celebri famiglie modenesi e di famiglie di alunni che avevano frequentato il Collegio nel '600.
Nel 1989 sono state recuperate le superstiti decorazioni parietali alterate e danneggiate dai pesanti ritocchi, dalle parziali cancellazioni e dai rifacimenti. È stato così possibile anche il recupero degli stemmi policromi sormontati da corone di prestigiose famiglie di allievi italiani e stranieri che frequentarono il Collegio nel primo ventennio del '700 dai quali si dipartono nastri verdi e azzurri che recano scritto il nome e il grado di nobiltà dei convittori. Un successivo intervento del 1994 ha portato alla luce, sotto la tinteggiatura grigia scandita in riquadrature, la complessa decorazione della parte inferiore, purtroppo assai lacunosa in talune aree.