Il Collegio era destinato ai nobili con rigorosa esclusività. Tra i requisiti di ammissione era sottolineata la necessità che i collegiali fossero sani, che non entrassero prima degli otto anni né dopo gli undici e che lasciassero l'istituto entro i diciotto anni. I convittori avevano a disposizione una sobria cameretta con semplici arredi e indossavano una divisa nera. Il Collegio San Carlo rivestiva il ruolo di un'istituzione totale, completamente responsabile della formazione e istruzione dei giovani: i contatti con le famiglie erano ridotti al minimo. Le discipline insegnate erano: scrivere, abaco, grammatica latina e greca, umanità, retorica, logica, matematica, filosofia naturale e morale, giurisprudenza. Pittura, musica, ballo, scherma ed equitazione completavano il progetto educativo. Da metà luglio a metà ottobre i collegiali andavano in villeggiatura a Bomporto (successivamente a Braida) ove si organizzavano accademie, rappresentazioni, cacce. I convittori partecipavano anche alla vita di corte e la famiglia ducale presenziava alle esibizioni dei collegiali. Sotto il ducato di Rinaldo I il bacino di affluenza dei nobili si allargò a tutte le terre dell'impero. Successivamente molte cose cambiarono: in seguito alla rivoluzione francese, con l'apertura ai giovani borghesi e all'Unità d'Italia, quando i programmi scolastici divennero nazionali e l'istituto non potè più esprimere un progetto educativo autonomo. Continuò anche nel Novecento l'attività formativa del Collegio. I convittori erano riconoscibili nella città per l'elegante divisa, e noti per le rappresentazioni teatrali. L'attività ginnico-sportiva, particolarmente intensa, prevedeva tra l'altro scherma, pallavolo e nuoto che veniva praticato nella piscina della residenza estiva di Braida.