Formatosi a Modena all'Accademia Atestina di Belle Arti, poi tra Firenze, Venezia e la Roma di Overbeck e dei nazareni, fu ritrattista celebrato, pittore di storia e di tele religiose, conteso dalla migliore committenza emiliana e acclamato sulle pagine delle più prestigiose riviste culturali dell'epoca. Rivestì vari incarichi istituzionali: Francesco IV d'Este nel 1839 lo nominò direttore dell'Accademia Atestina di Modena e dal 1860 fu presidente delle Accademie Emiliane, poi direttore della Galleria Estense e presidente della Regia Commissione Emiliana per la conservazione dei monumenti di interesse storico. Negli anni '30 e '40 si impose come figura di rilievo per il suo "eclettismo", la sua capacità di evocare e rielaborare i fenomeni più significativi della tradizione pittorica italiana dal Rinascimento al romanticismo. All'epoca della grande mostra monografica (1886) dedicata al pittore la sua fortuna critica aveva cominciato ad appannarsi seguendo la parabola discendente delle accademie.
Fino alla rivalutazione degli anni '80 il suo nome era rimasto legato a uno stereotipo: Malatesta come pittore di ritratti e autore del famoso dipinto Ezzelino da Romano. Di recente sono stati identificati vari dipinti che hanno rivelato il solido talento di disegnatore e la capacità di mediare tra realismo e idealizzazione di un pittore che, più che nelle tele di storia e nei dipinti religiosi, dà il meglio di sé nei ritratti di gusto squisitamente biedermeier.